W konfiguracji Xvida są opcje które się wzajemnie wykluczają, lecz z powodu konstrukcji GUI nie zawsze jest to widoczne.

1. Użycie klatek typu B (opcja B-VOPs) zabrania użycia klatek typu N - bez względu na wartość Frame Drop Ratio nie będą one wstawiane. Ta decyzja spowodowana jest problemami opisanymi w tym temacie.
EDIT: W najnowszych kompilacjach jest to już nieaktualne.

2. Wybranie opcji Interlaced Encoding w profilach DivX (z wyjątkiem "DivX 1080HD") automatycznie wyłącza klatki typu B. Te profile nie obsługują klatek typu B razem z przeplotem, są to ograniczenia określone przez firmę DivX, Inc.

3. Nie można wyłączyć Packed Bitstream w profilach DivX i Xvid. Są to ograniczenia określone przez firmy DivX, Inc. oraz Xvid Solutions.

4. Profile "DivX Portable PAL", "DivX Portable NTSC", "DivX Home Theatre PAL" i "DivX Home Theatre NTSC" umożliwiają użycie maksymalnie jednej klatki typu B pod rząd (bez względu na wartość wpisaną w polu Max Consecutive B-VOPs). Są to ograniczenia określone przez firmę DivX, Inc.

5. Profile "Xvid Mobile", "Xvid Portable", "Xvid Home" i "Xvid Highdef" umożliwiają użycie maksymalnie 5 klatek typu B pod rząd (bez względu na wartość wpisaną w polu Max Consecutive B-VOPs). Są to ograniczenia określone przez firmę Xvid Solutions.

6. Profile "MTK PAL" i "MTK NTSC" umożliwiają użycie maksymalnie jednej klatki typu B pod rząd (bez względu na wartość wpisaną w polu Max Consecutive B-VOPs). Wynika to z ograniczeń technicznych chipsetów firmy MediaTek.

7. Profile "MTK PAL 6000" i "MTK NTSC 6000" umożliwiają użycie maksymalnie 3 klakek typu B pod rząd (bez względu na wartość wpisaną w polu Max Consecutive B-VOPs). Wynika to z ograniczeń technicznych chipsetów firmy MediaTek.

8. Mechanizm kontroli bitrate na domyślnych ustawieniach Overflow Treatment nie zawsze działa dobrze gdy mamy ustawiony Min I-frame Quantizer, Min P-frame Quantizer i Min B-frame Quantizer na 1. W takim przypadku zalecane jest podniesienie wartości Overflow Control Strength. Max Overflow Improvement i Max Overflow Degradation przynajmniej do 15.

9. Funkcja VAQ (opcja Adaptive Quantization lub VAQ w zależności od kompilacji) może dawać kiepskie rezultaty z niektórymi matrycami kwantyzacji MPEG-Custom. Z kwantyzacją H.263 i MPEG działa prawidłowo.

10. Zgłaszano nieprawidłowe wartości kolorów w kompresji z użyciem opcji Chroma Optimizer Enabled. Prawdopodobnie ta funkcja zawiera błąd.